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SNP

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SNP是英文Single Nucleotide Polymorphism的缩写，中文翻译成“单核苷酸多态性”，即指在基因组水平上单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、颠换和插入/缺失等。

SNP的广泛应用，催生了大量检测技术。就实验手段来说，包括杂交、PCR、酶切、分子构象、测序等方法；就检测手段而言，包括凝胶电泳、荧光检测、芯片、质谱等方法。目前在国内市场上，常见的检测技术包括测序、DNA芯片、PCR-RFLP、TaqMan探针、SNPlex、质谱法等。

以下为几种检测方法的比较：

质谱是带电原子、分子或分子碎片按分子量（质荷比）的大小顺序排列的图谱。质谱仪可通过对物质的分子量（质荷比）进行检测，达到区分、鉴别物质的目的。SNP位点两个等位基因之间存在分子量差异，通过分型实验将差异放大，然后以质谱仪进行检测即可达到SNP分型的目的。

图1：飞行时间质谱检测物质分子量的原理

带电物质无电场的真空管（Drift region）中的飞行速度与分子量负相关，分子量越小，飞行速度越快，到达检测器（Detector）的时间越早，反之亦然。

图2：飞行时间质谱法对SNP进行分型的原理

紧挨SNP位点设计一段探针，在反应体系中以ddNTP替代dNTP，使探针仅在SNP位点处延伸一个碱基即终止。根据SNP位点的不同，探针将结合不同的ddNTP，从而具有不同的分子量，质谱仪即可检测出这种分子量差异，从而实现SNP分型的目的。

图3：实际检测效果图：质谱法能同时检测多个位点，此为对16个位点进行检测的峰图

质谱法的优势

² 质谱仪直接检测分子的本质特征之一—分子量，不需要通过荧光标记来进行间接检测，准确性可靠；

² 灵敏度高，可检测低至10ng的核酸片段；

² 以384孔板的形式进行反应，每个反应孔内最高可检测18个位点，一方面满足了目前常见的中小规模的科研需要，另一方面，在提高通量的同时大大的降低了试剂损耗；

² 使用普通合成的引物，不带任何标记，也无需在国外定制，即加快了课题的进度，也降低了实验费用；

² 每个反应孔仅需10ul DNA（10ng/ul），特别适合于稀少样本。