1、测序和基本数据处理
①对客户提供的DNA样品进行检测，样品检测合格后采取以下技术路线进行solexa测序：DNA样品制备——cluster制备——solexa上机。
②基本信息分析：图像识别，basecalling，过滤接头序列，检测可能的样品污染。
2、高级信息分析
①基因组组装：包括原始数据统计；覆盖度计算；组装结果统计Scaffold N50，Contig N50
②基因组注释：包括基因组组分分析、基因预测、重复序列注释、Non-coding RNA预测（tRNA基因注释；rRNA注释；microRNA注释等）和假基因（Pseudogene）注释等。
③基因的功能注释及分类: GO功能分类；Interpro功能分类。通过比对软件（Blast系列软件包）与公共数据中序列做同源性联配，在保证严格置信度标准前提下，对基因进行功能注释。
④比较基因组及分子进化分析：SNP检测；结构变异检测。
⑤序列同源比对、通过相邻物种的比较基因组研究进行进化分析、基因注释、功能分类等。 |