Shotgun与2-DE技术的比较
1. shotgun 技术对上样量有了较少的限制，仅需微克级的蛋白上样量。对样品量较少的蛋白质进行快速分析，适用并且已经成功应用于蛋白质组学中大规模蛋白质的分离鉴定。不再依赖双向凝胶电泳；
2. Shotgun技术中绝大部分蛋白质中总有部分酶解后的肽段与质谱鉴定是兼容的，因此，多维蛋白质鉴定技术弥补了2-DE电泳技术对碱性和疏水蛋白质，还有相对分子质量极大和极小蛋白质的在分离和鉴定方面的不足。对于特殊的蛋白如膜蛋白，shotgun技术可以鉴定出10个以上跨膜域的蛋白；
3. 通过软件将多肽峰信息转化为可视化的丰度信息；蛋白质或者酶解后的肽段与各种同位素标记试剂进行反应后，可以对低丰度蛋白质进行鉴定，并且可以实现较精确的相对定量；
4. Shotgun技术以LC-MS/MS鉴定，经过3次重复出数据，一般可鉴定1000-3000个峰信息，其鉴定的信息量和准确度远远大于2-DE技术的MALDI-TOF-TOF鉴定；
5. 可以检测动态范围100000:1内的低丰度肽段，是目前蛋白质组学研究最主要的技术路线；
6. 检测蛋白分子量范围更大；
7. 自动化，快速，高通量。
不足：
1. 数据冗余度高，非常复杂，需要专业人员进行分析；
2. 数据具有不确定性，需要进行多次重复试验。
Shotgun的部分文献
A proteomics approach to discovering natural products and their biosynthetic pathways, Stefanie B Bumpus, Bradley S Evans, Paul M Thomas, Ioanna Ntai1, Neil L Kelleher, Nature Biotechnology,27,951-956,2009
High-throughput generation of selected reaction-monitoring assays for proteins and proteomes, Paola Picotti, Oliver Rinner, Robert Stallmach, Franziska Dautel, Terry Farrah, Bruno Domon, Holger Wenschuh, Ruedi Aebersold, Nature Methods 7, 43-46 (6 December 2009)
Large-scale analysis of the yeast proteome by means of multidimensional protein identification technology, M.P. Washburn, D. Wolters and J. R. YatesNature Biotechnology, 19, 242-247, 2001
Comparison of alternativeanalyticaltechniques for the characterisationof thehuman serumproteomein HUPO Plasma ProteomeProject, XiaohaiLi, Xiaohong Qian etc. Proteomics, 5, 3423–3441,2005
An Automated Multidimensional Protein Identification Technology for Shotgun Proteomics, Dirk A. Wolters, Michael P. Washburn, and John R. Yates, Anal. Chem., 73 (23), 5683-5690, 2001 |